Fue convocada el 4 de agosto de 1995 por el entonces Presidente de la Conferencia Episcopal de Colombia, Monseñor Pedro Rubiano Sáenz, con el propósito de buscar soluciones políticas al conflicto armado colombiano, ser una instancia para acompañar los esfuerzos de paz del país y establecer escenarios de confianza para elencuentro con diversos actores claves para la paz.

Aunque desde su creación ha estado encabezada por el Presidente del Episcopado Colombiano, esta Comisión es una entidad autónoma e independiente, integrada por representantes de diversos sectores de la vida nacional, cada uno con diferentes concepciones políticas, sociales, culturales e incluso religiosas, reflejando así la pluralidad del país.

Sus integrantes son personalidades políticas y sociales con diversidad de pensamiento e independencia, valores que garantizan a su vez la heterogeneidad y autonomía de la Comisión en el desarrollo de sus objetivos.

La Comisión de Conciliación Nacional ha podido contar desde 1995 con la presidencia del Cardenal Pedro Rubiano Sáenz, Arzobispo de Bogotá; de Monseñor Alberto Giraldo Jaramillo, Arzobispo de Medellín; de Monseñor Rubén Salazar Gómez, Arzobispo de Bogotá; en dos ocasiones, de Monseñor Luis Augusto Castro Quiroga, Arzobispo de Tunja; posteriormente Monseñor Óscar Urbina Ortega, Arzobispo de Villavicencio; desde julio de 2021 es presidida por Monseñor Luis José Rueda Aparicio, Arzobispo de Bogotá y Primado de Colombia.

La solución política negociada del conflicto colombiano; la toma de conciencia por el respeto y la promoción de los Derechos Humanos, la importancia de aplicar el Derecho Internacional Humanitario, así como la necesidad de diseñar una Política Nacional y Permanente de Paz de Estado, han sido algunos de los ejes principales de trabajo de la Comisión de Conciliación Nacional.