La Segunda Asamblea de la Conferencia se realizó del 8 de diciembre de 1912 al 20 de enero de 1913. Asistieron 13 Prelados. Se dispuso efectuar las siguientes cada tres años y se pidió a la Santa Sede que no fuera considerada como una Asamblea Provincial sino como Asamblea Nacional, lo cual fue concedido.

La Tercera Asamblea se reunió a partir del primero de septiembre de 1916. Además del Arzobispo Primado, asistieron once de los trece Obispos residenciales. Coincidió esta Asamblea con la celebración de las Bodas de Plata Episcopales de Monseñor Herrera Restrepo. Los Prelados participaron en la ceremonia de Consagración del Tempo del Voto nacional.

Crisis Político-Religiosa; en 1930 fue elegido Presidente de la República el candidato liberal Enrique Olaya Herrera, poniendo fin a la hegemonía conservadora que gobernó desde 1886. Ya antes, en 1929, Monseñor Perdomo había sido invitado a mediar en la escogencia del candidato conservador entre el General Aldredo Vásquez Cobo y el Doctor Guillermo Valencia. El Arzobispo Perdomo se inclinó por el nombre del General Vásquez Cobo lo que contrarió al Presidente Miguel Abadía Méndez y produjo la división del Episcopado.

En 1934, Monseñor Perdomo solicitó al Papa el nombramiento de un Obispo Coadjutor con derecho a sucesión, en razón de su ya menguada salud. La Santa Sede nombró entones a Monseñor Juan Manuel González Arbeláez, Obispo inteligente y dinámico, orador extraordinario, a quien Monseñor Perdomo recibió con afecto y le brindo todo su apoyo.

El 9 de abril de 1948 marcó el comienzo de una nueva etapa en la vida del país. El asesinato del líder liberal Jorge Eliécer Gaitán, generó una revuelta popular que desembocó en asesinatos, crímenes y atentados que afectaron incluso las instituciones eclesiásticas. En Bogotá fueron incendiados los edificios de la Nunciatura Apostólica y el Palacio Arzobispal con su valioso archivo de varios siglos.

1930 - 1949 Se producen varias cartas y pastorales del episcopado.

Fue nombrado Arzobispo de Bogotá Monseñor Crisanto Luque, hasta entonces Obispo de Tunja. Años más tarde, el 12 de enero de 1952 fue honrado con la dignidad cardenalicia, constituyéndose en el primer Cardenal Colombiano.

Monseñor Pablo Bertoli, fue designado Nuncio Apostólico en Colombia el 7 de mayo de 1953. Promovió la creación de nuevas curcunscripciones eclesiáticas y visitó muchas veces los llamados Territorios Nacional. Asistió al nacimiento y primeras reuniones del CELAM (Consejo Episcopal Latinoamericano) en 1955.

Monseñor José Luis Concha Córdoba, nació en Bogotá el 7 de noviembre de 1891 y murió en la misma ciudad el 18 de septiembre de 1975. El 30 de noviembre de 1935, fue nombrado Obispo de Manizales por el Papa Pio XI, y consagrado por Monseñor Ismael Perdomo en la Basílica Primada de Bogotá. Fue nombrado Cardenal de la Santa Iglesia por Juan XXIII, el 16 de enero de 1961; se le asignó el título de Santa Francisca Romana, del cual tomó posesión el 1 de febrero.

El jueves 22 de agosto de 1968, en las horas de la mañana, el Papa Pablo IV arribó al Aeropuerto El Dorado de Bogotá. Lo esperaba una comitiva encabezada por el Presidente de la República Carlos Lleras Restrepo; el Cardenal Arzobispo de Bogotá, Aníbal Muñoz Duque; el Alcalde de la ciudad Virgilio Barco Vargas y numerosos personajes del gobierno, de la sociedad y de la Iglesia.

El 23 de agosto de 1968, el papa Pablo VI inauguró y entregó la potente cadena de emisoras de Radio Sutatenza en el "Encuentro Campesino con el Papa", en el campo de San José en Mosquera (Cundinamarca).

En el mes de julio de 1968, cincuenta sacerdotes se reunieron en la finca de Golconda (Viotá), para profundizar en el conocimiento de la Encíclica "Populorum Progressio" y en un segundo encuentro realizado en Buenaventura, con la acogida de Monseñor Gerardo Valencia Cano, firmaron la "Declaración de Golconda".

Se creó la Comisión Episcopal de Pastoral Familiar; se propuso como experimento la organización de una Secretariado Nacional de Pastoral Social y se encargó de esta labor al Director de la Cáritas Colombiana; se creó el seguro oficial y nacional para el Clero.

Fruto de la reflexión y de la preocupación pastoral de los Obispos, se produjeron en estos años importantes pronunciamientos y orientaciones en el seno de la Conferencia Episcopal: alguna de ellas: *Exhortación a los fieles sobre la restauración de la Sagrada Liturgia establecida por el Concilio Vaticano II: naturaleza de la Liturgia, los fieles y la Liturgia, renovación de la Liturgia, espíritu de la Liturgía; *Declaración del Comité de Metropolitanos sobre los problemas que aquejan al país: violencia, desplazamiento, desmedido afán de libro fácil, especulación, atracos, secuestro de personas, fuga de capitales, crisis de respeto por la autoridad, las películas obscenas y las que exaltan el crimen, la violencia. *Mensaje pastoral: "La Iglesia que todos debemos construir".

Monseñor José de Jesús Pimiento, Nació en Santa Rosa de Osos (Antioquia) el 3 de octubre de 1908. Fue ordenado sacerdote el 19 de noviembre de 1933 por Monseñor Miguel Angel Builes Gómez y consagrado Obispo el 127 de mayo de 1951. Elevado a la dignidad de Cardenal el 5 de marzo de 1973. Un hecho importante para destacar durante la presidencia de Monseñor Pimiento, fue la firma del Concordato entre la Santa Sede y el Gobierno de Colombia.

Los concordatos pactados entre la Santa Sede y el Estado Colombiano, han tenido como fin ordenar, regular y acordar las relaciones entre la Iglesia y el Estado en materias que le interesan a ambas partes; y desde el punto de vista jurídico, mediante el Concordato se han fijado reglas de conducta obligatorias para las altas partes que lo celebran.

En el año 1979, se celebró el Centenario de San Pedro Claver; se realizó una colecta para los damnificados del terremoto en Nicaragia; Los Obispos en Asamblea, junto con los invitados, peregrian al Santuario de Nuestra Señora de Chiquinquirá el día 29 de julio en cumplimiento del "voto" hecho en Puebla, de colocar a los pues de Nuestra Seloram en cada país, las conclusiones de esta Conferencia General del Episcopado.

En el año 1979, se constituyó la Fundación "Mutuo Auxilio Sacerdotal Colombiano" (MASC), a partir del primero de enero de 1980. El objetivo de esta Fundación es atender los riesgos de invalidez y vejez de los Sacerdotes y Obispos. Al cumplir 75 años de edad, el Mutuo Auxilio les entrega también un subsidio económico.

Monseñor Alfonso López Trujillo fue elevado a la Dignidad cardenalicia, el 4 de febrero de 1983, por el Papa Juan Pablo II.

El 31 de marzo de 1983, justo el Jueves Santo de ese año, la ciudad de Popayán vivió la destrucción de su centro histórico y la muerte de 250 personas, a consecuencia de un fuerte sismo que convirtió la tradicional Semana Santa en semana de dolor. La ciudad quedó en la reuina, con la destrucción parcial o total de sus monumentos coloniales y más de 5.000 familias resultaron damnificadas.

Entre el 1 y 7 de julio de 1986, el Papa Juan Pablo II realizó su visita apostólica a Colombia. Fue, sin lugar a dudas, el hecho más importante que registra la historia de la Iglesia colombiana en el siglo XX. La visita del Papa, movilizó grandes multitudes que se reunieron para escuchar sus mensajes. En siete días el Papa viajero, el peregrino de la paz, congregó a los colombianos e interpeló desde la fe a los diversos estamentos de la sociedad y de la Iglesia.

El 6 de julio, el Papa Juan Pablo II se encontró con los damnificados de la tragedia en Armero y Lérida. Fue tal vez el acto más conmovedor y el que se quedó más fuertemente grabado en la retina y en el corazón de todos los colombianos. La imagen del Papa, arrodillado ante la enorme Cruz que se levantó en la explanada donde antes estuvo la ciudad de Armero, le dio la vuelta al mundo.

En Asamblea Plenaria Extraordinaria, del 24 al 29 de noviembre de 1986, hizo memoria de la visita papa y de los mensajes del Santo Padre a los Obispos, Sacerdotes, Religiosos, clase dirigente, obreros, jóvenes, cuerpo diplomático, damnificados de la tragegias del Ruiz. Se pidió la intervención de la iglesia a favor de los damnificados del Volcán Nevado del Ruiz.

Durante la Asamblea Plenaria Extraordinaria se anuncio, final y definitivamente, la quiebra de la Caja Vocacional. El escándalo se dio cuando los ahorradores no pudieron percibir sus intereses a tiempo.

Monseñor Mario Revollo Bravo es nombrado como Cardenal, el 28 de junio de 1988 por el Papa Juan Pablo II. Mons. Revollo prestó toda su colaboración en los procesos de paz y preparó la visita apostólica del Paoa Juan Pablo II a Colombia en 1986. Uno de los actos más importantes de su gestión fue, sin duda, la convocatoria y el desarrollo del Sínodo Arquidiocesano.

En la asamblea LI del 22 al 30 de junio de 1989, la Conferencia Episcopal acepta participar como "tutora moral" en la mesa de conversaciones entre el Gobierno Nacional y el grupo guerrillero M-19.

Monseñor Jesús Emilio Jaramillo Monsalve, Obispo de la Diócesis de Arauca, muere a manos de guerrilleros del Ejército de Liberación Nacional (ELN), el 2 de octubre de 1989.

El 4 de agosto de 1995, se hace la instalación oficial de la Comisión de Conciliación Nacional creada por iniciativa de Monseñor Pedro Rubiano Sáenz.

1990 - 1996 Se inicia y se lleva a término el proyecto de construcción de una nueva sede para la Conferencia Episcopal de Colombia. La nueva sede de la Conferencia se construyó y adecuó en lo que fue antes el Convento de las Hermanas del Buen Pastor. El Cardenal Rubiano se puso al frente de este proyeto teniendo como capital inicial la confianza y la esperanza de salir adelante.

El Episcopado reconoce que en el país ha crecido el poder de intimidadación a la sociedad civil por parte de la insurgencia guerrillera.

Monseñor Darío Castrillón Hoyos es creado cardenal por el Papa Juan Pablo II.

Terremoto en el Eje Cafetero y presencia humanitaria de la Iglesia en la región afectada.

Monseñor Pedro Rubiano Sáenz fue creado cardenal por el Papa Juan Pablo II.

Asesinan a monseñor Isaías Duarte Cancino, Arzobispo de Cali. Su lucha por la paz terminó trágicamente cuando el 16 de marzo de 202 un sicario lo asesinó cuando salía de un templo del distrito de Aguablanca.

Se realiza la visita "Ad Limina Apostolorum". Como preparación para esta visita, el Episcopado reflexionó dos temas: "Evangelización y reconciliación" y "Relativismo moral y pecados sociales".

El episcopado reconoce que en el país ha crecido el poder de intimidación a la sociedad civil por parte de l insurgencia guerrillera.

50 años de la Cáritas Colombiana. En el mes de septiembre el Secretariado Nacional de Pastoral Social, celebró los 50 años de la Cáritas Colombiana. Esta fue creada mediante el acuerdo no. 14 del 17 de septiembre de 1956 emanado de la XVIII Asamblea Plenaria del Episcopado.

1984 - 2007 5 obispos son secuestrados, 2 obispos son asesinados, 64 sacerdotes son asesinados, 5 religiosas, 2 misioneros y 3 seminaristas asesinados y 22 sacerdotes secuestrados.

Se celebró los 100 años de la Conferencia Episcopal de Colombia.

Inicia un nuevo Plan Global para la Conferencia Episcopal de Colombia que se extiende hasta el 2020.

Obispos del país realizan una nueva visita Ad Limina Apostolorum.

Monseñor Rubén Salazar Gómez es creado como cardenal por el Papa Benedicto XVI.

Monseñor José de Jesús Pimiento Rodríguez es creado cardenal por el Papa Francisco.

El cardenal Rubén Salazar Gómez es elegido presidente del Consejo Episcopal Latinoamericano CELAM.